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Ce papier présente SBayesCO, un cadre bayésien qui améliore la prédiction polygénique des traits complexes en modélisant conjointement les effets des QTL moléculaires et des GWAS, surpassant ainsi les méthodes basées uniquement sur les données GWAS.
Cet article présente XMR, une nouvelle méthode de randomisation mendélienne qui exploite les statistiques de résumés GWAS de populations auxiliaires pour améliorer la puissance statistique et la fiabilité des inférences causales dans les populations sous-représentées, comblant ainsi un vide crucial pour l'équité en santé mondiale.
Cette étude rétrospective de près de 10 000 consultations en génétique adulte révèle un rendement diagnostique élevé (24 %), particulièrement avec le séquençage de l'exome (40 %), tout en soulignant l'importance des facteurs démographiques et des indications cliniques pour optimiser l'utilisation des tests génétiques et guider les pratiques futures.
Cette étude démontre que l'activité accrue de la protéine virale EBNA2 dans les cellules B transformées par le virus d'Epstein-Barr modifie l'expression génique, l'accessibilité de la chromatine et la liaison des facteurs de transcription de manière dépendante de la sclérose en plaques, révélant ainsi un mécanisme moléculaire clé par lequel ce virus interagit avec les facteurs de risque génétiques pour contribuer à la pathogenèse de la maladie.
Cette étude démontre, grâce à une analyse de randomisation mendélienne, que l'inhibition génétiquement simulée de la synthèse de l'angiotensinogène est associée à une réduction significative du risque cardiovasculaire et à un profil de sécurité favorable, soutenant ainsi le potentiel thérapeutique de cette cible pour prévenir les maladies cardiaques et cérébrovasculaires.
Cette étude intègre des approches de cartographie fine, d'assaisonnage de rapporteurs et de criblage CRISPRi pour identifier des variants fonctionnels et des répétitions en tandem (VNTR) au locus 5p15.33, révélant comment ces éléments régulent l'expression de TERT via la voie Hippo et expliquent le pléiotropisme antagoniste observé entre les cancers du pancréas et du poumon.
Le papier présente PanelAppRex, un outil harmonisé et interactif qui agrège plus de 58 000 associations gène-maladie pour faciliter la recherche par requêtes en langage naturel et garantir une intégration fluide dans les pipelines bioinformatiques, comme le démontrent ses performances optimales sur quinze études de cas.
Cette étude démontre que la méthode de séquençage HiFi à très faible entrée d'ADN (ULI-HiFi) permet une détection précise des variants génétiques, y compris dans les régions difficiles à mapper, et a permis d'identifier une expansion progressive de répétitions tandem dans le gène suppresseur de tumeur LIMD1 chez un patient atteint de polypose adénomateuse familiale.
Cet article présente Gene Portals, un cadre modulaire qui centralise des données cliniques, fonctionnelles et structurelles harmonisées pour automatiser l'interprétation des variants génétiques et soutenir la découverte de mécanismes dans les maladies rares.
En exploitant plus de 120 000 profils génomiques tumoraux réels, cette étude développe des modèles d'apprentissage automatique capables de prédire avec une précision quasi parfaite la pathogénicité des variants BRCA1 et BRCA2, permettant ainsi de reclassifier une part significative des variants de signification incertaine.
Cet article présente la première bibliothèque stérolomique par spectrométrie de masse, conçue pour faciliter le diagnostic et le suivi de multiples troubles rares du métabolisme du cholestérol en palliant l'absence de tests diagnostiques unifiés.
Cette étude démontre que l'intégration des loci de traits quantitatifs des protéines plasmatiques (pQTL) aux preuves génétiques humaines améliore considérablement les chances de succès clinique des cibles thérapeutiques, augmentant leur probabilité d'atteindre la commercialisation de 4,7 fois par rapport à 2,6 fois pour les seules preuves génétiques.
Cette étude menée sur une population mexicaine révèle que le variant rs9939609-A du gène FTO est associé à un contrôle glycémique plus faible chez les patients atteints de diabète de type 2, malgré un traitement médicamenteux.
Cette étude exploite les données génétiques de quatre troubles psychiatriques, combinées à des analyses moléculaires à grande échelle, pour identifier et prioriser de nouvelles cibles thérapeutiques et des opportunités de repositionnement de médicaments afin d'améliorer les traitements psychiatriques.
Le framework FA-NIVA, développé dans l'écosystème Nextflow, offre une solution automatisée et reproductible pour l'analyse complète des variants génétiques (SNV et SV) dans l'anémie de Fanconi en exploitant les données de séquençage long-read Nanopore.
Cet article présente MuAt2, un modèle d'apprentissage par représentation basé sur les Transformers qui, en exploitant les variants somatiques du génome entier, permet une classification précise des tumeurs, une stratification du risque et une interprétation des origines tissulaires pour le diagnostic et le pronostic du cancer.
Cette étude démontre que l'intégration d'un score de risque polygénique novateur, sans étiquette d'ascendance, à l'imagerie du calcium coronaire permet d'identifier, chez des individus avec un score de calcium nul, un sous-groupe à risque résiduel significatif de maladie coronarienne justifiant une réévaluation des stratégies préventives.
Cette étude décrit une nouvelle configuration génétique appelée mosaïcisme monoallélique groupé (cMoMa) chez des jumeaux atteints d'un trouble neurodéveloppemental lié à HNRNPU, révélant un mécanisme de mutagenèse embryonnaire antérieurement méconnu résultant d'une réparation asymétrique d'un événement mutationnel unique.
Cette étude rétrospective de génomique épidémiologique a identifié une souche de *Klebsiella pneumoniae* multirésistante (ST39) comme étant la cause d'une épidémie de sepsis néonatal au Gambia, transmise par des poches de liquides intraveineux réutilisables, soulignant ainsi l'importance cruciale des mesures de prévention des infections et la nature émergente de ce clone à haut risque à l'échelle mondiale.
Cette étude révèle que, bien que la comorbidité phénotypique entre l'arthrose de la hanche et la maladie d'Alzheimer soit masquée par la dépression, la prédisposition génétique à l'arthrose de la hanche confère en réalité une protection neurovasculaire robuste contre la maladie d'Alzheimer, illustrant un antagonisme biologique au sein de l'axe os-cerveau.